Die Team-Arbeit wird durch den Projektleiter (Prof. Dr. Jörg Oehlmann) und die Koordinatorin (Dr. Ulrike Schulte-Oehlmann) abgestimmt, synchronisiert und angepasst. Das interne Leitungsgremium (Prof. Dr. Heinz Köhler, Dr. Christian Schaum, Dr. Carolin Völker, Dr. Arne Wick) steht der Team-Koordination beratend zur Seite. Das Gremium diskutiert und entscheidet bei Problemen, die die Realisierung übergeordneter Ziele des Projekts gefährden, prüft und unterbreitet alternative Lösungswege.

Das NiddaMan-Projekt wird ferner durch ein externes Expertengremium begleitet. Dieses berät und unterstützt die Team-Koordination und das Konsortium im Sinne eines Projektbeirats bei der Realisierung und Reflexion von Projektzielen und Maßnahmen. Das Gremium besteht aus: Dr. Jean Bachmann (Umweltbundesamt), Dipl. Geogr. Stefanie Jung (Sachverständigenrat für Umweltfragen), Dipl.-Ing. Roland Kammerer (DWA, Stadtentwässerung Frankfurt), Dr. Volker Laabs (BASF, Product Stewardship Crop Protection), Albert Langsdorf (Naturschutz-Akademie Hessen) und Dr. Thomas Paulus (GFG mbH).

Über das Stakeholder-Gremium werden relevante Anspruchsgruppen im EZG Nidda aktiv in den Forschungsprozess eingebunden. Die TeilnehmerInnen bringen dabei ihr Fachwissen sowie die Bedarfe und Interessen ihre Institution in das Projekt ein. Ziel ist, gemeinsam mit den ExpertInnen praxisnahe Maßnahmen zu entwickeln und langfristige Impulse für den Gewässerschutz zu setzen. Hierfür trifft sich das projektbegleitende Gremium in drei aufeinander aufbauenden Workshops. Das Stakeholder-Gremium wird vom ISOE organisiert und geleitet.

Folgende Institutionen nehmen am Gremium Teil: Abwasserverband Horlofftal, Angelsportverein Groß- und Klein-Karben e.V., Auen- und Gewässerschutz Wetterau e.V., Büro für Gewässerökologie, Exide Technologies, Hassia Mineralquellen GmbH & Co. KG,  Hessischer Kanuverband, Hessisches Landesamt für Naturschutz, Umwelt und Geologie, INGA-Institut für Gewässer- und Auenökologie, Interessengemeinschaft Nidda e.V., Kreisbauernverband Wetterau e.V., Maschinenring Wetterau e.V., Oberhessische Versorgungs- und Verkehrsgesellschaft mbh, Regierungspräsidium Darmstadt, Stadt Bad Vilbel, Stadt Frankfurt,  Stadt Karben, Vogelsbergkreis, Wasserverband Nidda, Wetteraukreis